Základní smysl existence Evropské unie spočívá ve vzájemně výhodné spolupráci států, v bourání zbytečných
politických, národnostních a psychologických barier. Státy Evropy byly kdysi rozděleny politickými hranicemi, ale
tento fakt se přírody příliš nedotkl.
Soustava evropských chráněných území NATURA 2000 je postavena právě na myšlence celoevropské ochrany těch přírodních
fenoménů, které jsou buď jednotlivým státům společné, nebo které jsou významné v celoevropském kontextu.
Myšlenka vznikla postupně a vykrystalizovala do dvou větví celoevropské ochrany.
Ochrana ptáků je postavena na „Směrnici o ptácích“ EHS č. 79/409. Tento dokument, jež jsou povinny respektovat
všechny státy EU, zajišťuje pro evropsky chráněné druhy ptáků ochranu jejich významných stanovišť a hnízdišť na celém
kontinentu. Ochranný režim stanoví zákaz zabíjení, odchytu, poškozování hnízd a vajec. Jedinci chráněných druhů
nesmějí býti vyrušováni a drženi v chovu. Pro ochranu ptáků bylo v ČR vybráno a schváleno 39 ptačích
oblastí, další dvě jsou v přípravě.
V oblasti středního toku Dyje byla zřízena ptačí oblast Podyjí, která zahrnuje celý NP Podyjí a další
lokality navazující na jeho východní okraj. Předmětem ochrany jsou strakapoud jižní a pěnice vlašská. Vyskytují
se zde i další celoevropsky chráněné druhy ptáků, (např. datel černý, strakapoud prostřední, žluna šedá, ledňáček
říční, sýc rousný, výr velký, atd.), ale pro uznání ochrany nejsou splněny kvantitativní a kvalitativní parametry
jejich výskytu.
Nejbližší ptačí oblastí jsou Jaroslavické rybníky ležící asi 25 km východně od NP Podyjí, zřízené k ochraně
kvakoše nočního.
Ochrana přírodních stanovišť, živočichů a rostlin je pokryta druhou větví Natury 2000. Zákonná ochrana byla vtělena
do „Směrnice o ochraně přírodních stanovišť, planě rostoucích rostlin a volně žijících živočichů“ EHS č. 92/43.
V přílohách této směrnice je uveden seznam evropsky významných přírodních a polopřírodních stanovišť, evropsky
významných druhů rostlin a živočichů. V obecném slova smyslu je cílem ochrany zajistit příznivý stav naturových
biotopů, či populací naturových rostlin a živočichů, nikoli vyloučit veškeré hospodářské využití území.
V některých případech (např. polopřirozené biotopy a na ně vázané druhy rostlin a živočichů), jsou dokonce tyto
přírodní fenomény na hospodářském režimu závislé. Evropská unie tedy přesně nestanoví formální zajištění ochrany
v jednotlivých státech, ale monitoruje faktické výsledky.
V případě NP Podyjí je téměř celé jeho území navrženo jako evropsky významná lokalita, vzhledem k výskytu
evropsky významných stanovišť (např. potočních olšin, teplomilných doubrav, skalních borů, atd.), rostlin (např.
koniklece velkokvětého, střevičníku pantoflíčku, atd.) a živočichů (např. netopýra černého, netopýra velkého,
blatnice skvrnité, užovky podplamaté, vranky obecné, ohniváčka černočárného, bourovce trnkového, přástevníka
kostivalového, roháče obecného, tesaříka obrovského, atd.).
Ochrana stanovišť a druhů nezahrnuje úplně všechny lokality jejich výskytu, ale pouze ty, které jsou z hlediska
další perspektivy ty nejdůležitější. Podyjí je oblastí s výskytem velkého množství lokalit naturových stanovišť
a druhů. Nároky těchto jednotlivých fenoménů jsou často dosti rozdílné, až protichůdné, a proto je nezbytné
jejich ochranu velmi pečlivě plánovat.